ubuntuソフトウェアセンターからインストールした「PuTTY SSH Client」でリモートのサーバにアクセスしていたのですが、コピーとペーストができないので非常に不便でした。
PuTTYのバージョン： Release 0.70
いろいろ調べて代替手段を見つけたので記載します。
結論から書いてしまうと、標準のターミナルを開いて以下のコマンドを打てばターミナルからリモートのサーバにアクセスできます。ターミナルではコピーとペーストができるので、これで良いかと思ってしまいました。
$ plink （ユーザ名）@（ホスト） -P （ポート）
plinkですが、PuTTYをインストールすれば一緒についてくるらしい？です。僕のubuntuには入っていました。
$ which plink
/usr/bin/plink
PuTTYのデフォルトのフォントも見づらかったので、ターミナルに切り替えて使っています。